受近期強降雨及連日陰雨影響，後勁溪水質出現變化，8月10日豪雨過後，部分河段發生零星魚群死亡。環保局研判，降雨逕流將有機物帶入河川，加上日照不足、水中生物分解有機物耗氧，導致溶氧降低，目前已啟動應變機制，由環保局持續監測水質及加強稽查，水利局同步巡查河面、清除死魚，避免魚體腐敗後進一步消耗水中氧氣。
環保局表示，後勁溪7月也曾發生魚群死亡情形，當時採集水體及死亡魚隻送嘉南藥理大學進行鑑定，並綜合魚體檢測、水質分析、氣象資料及生物急毒性試驗結果研判，豪雨過後大量有機物進入水體，在高溫環境下快速分解，造成耗氧量增加，是導致河川溶氧不足的重要原因。另生物急毒性試驗則未發現明顯急性毒性，因此研判並非單一急性毒性污染所致。
為降低後勁溪水質異常風險，環保局已於114年將後勁溪劃設為水污染管制區，持續加強事業及非列管污染源稽查。近期也在右昌大排新增固定式水質監測設施，並於興中制水閘門、益群橋、德惠橋設置3處移動式監測點，溶氧監測數值若低於每公升2.0毫克的預警值，將立即通知水利局，並視水情協調農田水利署開閘放水，透過補充河川基流改善水體交換及溶氧狀況，同時加強河面巡查與死魚清除。
環保局已針對後勁溪沿岸餐飲業、機車行及修車廠等計111家，執行專案稽查，今(8/12)日發現外勞小吃店、火鍋店、便當店、牛排館及燒臘店等5家餐飲業，其中3家未設置油水分離槽，2家雖有設置，但未妥善清理，致排放含油黃濁污水污染水溝，皆依違反廢清法第27條規定，除裁處6000元~10萬元罰鍰外，並限期改善。
環保局長表示，極端降雨、高溫及長時間陰雨等天候條件，都可能放大河川水質波動，將持續強化水質監測、污染源查察及跨局處聯合應變，並從源頭減少污染物進入水體。同時呼籲餐飲業者，應妥善設置並定期清理油脂截留器，避免油脂隨排水系統進入河川，共同維護後勁溪水質及河川生態。